Sông Niger là một sông tương đối "trong", chỉ tải khoảng 1/10 so với lượng vật chất trong sông Nin do thượng nguồng của sông Niger nằm trên các đá cổ cung cấp rất ít hạt kích thước bột.[3] Giống như sông Nin, sông Niger có lũ hàng năm, bắt đầu vào tháng 9, đạt đỉnh vào tháng 11 và kết thúc vào tháng 5.[3]

Các địa hình bất thường của sông là đồng bằng châu thổ nội Niger, nó hình thành nơi mà gradien dòng chảy giảm đột ngột.[3] Kết quả là hình thành một vùng các sông bện tết, đầm lầy, và các hồ có kích thước cỡ nước Bỉ; lũ theo mùa làm cho năng suất về các và nông nghiệp rất cao.[4]

Dòng sông mất gần 2/3 năng lượng dòng chảy ở châu thổ này giữa Ségou và Timbuktu do thấm và bốc hơi. Tất cả nước từ sông Bani chảy vào châu thổ tại Mopti cũng không bù được lượng nước mất đi này. Khả năng mất trung bình ước tính khoảng 31 km3/năm, nhưng có sự thay đổi đáng kể giữa các năm.[5] Dòng sông sau đó hợp lưu với rất nhiều nhánh, nhưng lại càng mất đi nhiều nước hơn do bốc hơi. Lượng nước chảy vào Nigeria đo tại Yola vào khoảng 25 km3/năm trước thập niên 1980 và khoảng 13,5 km3/năm trong suốt thập niên 1980. Chi lưu quan trọng nhất của sông Niger ở Nigeria là sông Benue, nó hợp chảy vào Niger tại Lokoja ở Nigeria. Tổng thể tích của các chi lưu ở Nigeria nhiều gắp 6 lần dòng chảy vào Nigeria, với dòng chảy tại cửa sông ở mức 177,0 km3/năm trước thập niên 1980 và 147,3 km3/năm trong thập niên 1980.[5]